香山濕地未有原生紅樹林,最早的紅樹林栽植始於民國48年,正值新竹海埔地開發的時期,地方政府於海山罟區域人工栽植種植水筆仔及海茄苳,民國80年之後除了官方造林之外,民間也有部分熱心保育的民眾自行栽植幼苗,協助紅樹林族群的拓展,民間小規模的栽植間歇維持至國90年之後。
香山濕地擁有1700多公頃泥灘地,已有緩衝護岸功能,並不需要種植紅樹林來護岸,然而紅樹林非常適應,幾年後人工種植苗木快速擴張,曾經擴散達300多公頃,改變了香山濕地原有的樣貌,密生樹林阻礙水流,灘地泥化隔絕了空氣及水,海茄苳林下呼吸根密佈,也阻礙生物掘洞,不僅降低了底棲生物的多樣性,而且嚴重壓迫台灣招潮蟹的棲地環境,同時還造成河口的嚴重阻塞,影響排洪,而且紅樹林易攔阻垃圾孳生蚊蠅,尤其台灣鋏蠓(下稱小黑蚊)會叮咬居民、遊客等造成環境衛生問題。這些現象都是當時「栽種復育 」紅樹林時所始料未及的問題。為恢復棲地維護香山濕地的生物多樣性,以及改善河口排洪與周遭環境衛生等問題,整治紅樹林實有其必要性。
新竹市政府自2007年起開始,開始紅樹林的整治,至2014年累積花費1千7百多萬元,清除面積約64公頃。早期紅樹林清除都屬於局部試驗性的小範圍整治工作。因為整治的速度不及紅樹林的擴張速度,市府於2015經審慎評估,決定採全區域整治,編列了1千3百萬元經費,全面清除三姓公溪以南到海山漁港以北,共346公頃的紅樹林。
至2019年,市府完成香山濕地全區域紅樹林的密生林整治,經歷共12年紅樹林整治及擴散區種苗清除,累積清除面積將近450公頃,經費3千7百多萬元。